経営者にとって、事業承継は避けて通れない重要なテーマです。
しかし実際には「後継者がなかなか見つからない」「M&Aを考えているが、費用面が心配」といった悩みから、一歩を踏み出せずにいる方も多いのではないでしょうか。
そんな経営者の力強い味方となるのが、国の中小企業支援策の一つである「事業承継・M&A補助金」です。
この記事では、2025年最新の公募情報をもとに、制度の概要から活用できる具体的な場面、さらには採択率を高めるための実践的なポイントまで、分かりやすく解説します。
債務超過や事業再生を伴う事業承継には、専門的かつ高度な知識と経験が求められます。
私たち「ジーケーパートナーズ」は、企業再生のプロフェッショナルとして、貴社の状況に最適な解決策をご提案しています。
現在、無料の個別相談会を実施中です。
まずはお気軽にご相談ください。課題の整理から具体的な進め方まで、丁寧にサポートいたします。
「事業承継・M&A補助金」は4つのプランから選べる
2025年の「事業承継・M&A補助金」には、企業の状況に応じて選べる4つの支援枠が用意されています。
それぞれの支援枠の内容を参考にしながら、貴社の課題に最も適した枠を確認してみてください。
| 支援枠の名称 | おすすめの人 | 補助上限額の目安 | 主な対象経費 |
| 事業承継促進枠 | 5年以内に親族や従業員へ事業を譲る予定で、これを機に設備投資や販路開拓をしたい経営者 | 800万～1,000万円 | 新規事業のための設備投資、店舗・事務所の改装費など |
| 専門家活用枠 | M&Aによる事業の売却や買収を検討しており、仲介手数料や調査費用の負担を軽減したい経営者 | 買い手:最大2,000万円
売り手:最大800万円 |
M&A仲介手数料、デューデリジェンス（DD）費用、弁護士・税理士への相談費用など |
| PMI推進枠 | M&Aは決まったが、その後の経営や組織の統合作業（PMI）に不安がある買い手企業 | 最大1,000万円 | 経営統合を円滑に進めるためのコンサル費用、基幹システムの統合費用など |
| 廃業・再チャレンジ枠 | 事業承継に伴い、不採算事業の廃業を考えている、または経営者が新たな挑戦をしたい場合 | 最大150万円（他枠との併用可） | 廃業手続き費用、原状回復費用、在庫廃棄費など |
2025年度の事業承継・M&A補助金は、承継後の成長を後押しする制度へとさらに進化しています。
とくに注目すべきは、M&A後の経営統合作業（いわゆる「PMI」）を支援する【PMI推進枠】の新設です。
この統合作業は、M&A成功のカギを握る重要なプロセスですが、財務・人事・業務フローの整理には専門的な知見が求められます。
また、賃上げに取り組む中小企業向けに補助上限額が引き上げられるなど、経営改善と雇用維持を促す仕組みも導入されています。
こうした補助金を活用することで、資金面の不安を抑えながら、より現実的な事業承継・再生計画を進めることが可能になります。
ただし、公募ごとに申請可能な枠が異なるため、補助金の利用を具体的に検討される際は、必ず「事業承継・M&A補助金」の公式サイトで最新の公募要領を確認しましょう。
出典元：事業承継・M&A補助金
事業承継・M&A補助金の対象者と対象経費
ここでは、「事業承継・M&A補助金」の対象となる事業者と、補助の対象経費について詳しく解説します。
対象となる事業者
この補助金の対象は、中小企業基本法に定められた中小企業者および個人事業主です。
業種ごとに定められている「中小企業」の基準には、資本金または従業員数のいずれかを満たせば対象となる仕組みになっています。
| 業種 | 資本金の上限 | 従業員の上限 |
| 製造業・その他 | 3億円以下 | 300人以下 |
| 卸売業 | 1億円以下 | 100人以下 |
| 小売業 | 5,000万円以下 | 50人以下 |
| サービス業 | 5,000万円以下 | 100人以下 |
個人事業主の方や、医療法人、NPO法人なども、一定の条件を満たせば補助対象に含まれます。
組織形態にかかわらず、中小企業基本法の要件を満たしていれば申請が可能です。
ただし、大企業の100％子会社など、実質的に大企業の傘下にあると判断される企業は対象外となります。
経営の独立性が確認できない場合は不採択となるケースもあるため、申請前に要件をしっかり確認しましょう。
補助対象経費の具体例
補助金は、事業承継やM&Aのさまざまな局面で発生する費用を幅広くカバーします。
重要なのは、単に「何に使えるか」ではなく、「何のために使えるのか」を理解することです。
経費の種類だけを見ても全体像がつかみにくいため、目的別に補助対象経費を把握することで、より効果的に制度を活用できます。
このあとの項目では、具体的にどのような費用が対象になるのか、活用シーン別にわかりやすく解説していきます。
成長のための投資費用（経営革新等事業費）
この補助金は、事業承継を単なる「引き継ぎ」にとどめず、次の成長につなげる“新たな挑戦”を支援するための経費にも活用できます。
たとえば、
- 後継者が新たな収益源として新規事業に挑戦するための機械導入費
- 既存事業の再構築としてECサイト構築やオンライン販売の強化
- デジタル化・自動化による業務効率改善のためのIT投資
といった取り組みも対象経費として認められます。
つまり、「守りの事業承継」ではなく、「攻めの事業承継」を実現するための補助金として活用できるのが大きな特長です。
M&Aの専門家への相談費用（専門家活用費）
M&Aには、専門的な知識と経験が不可欠です。
適切な手続きを進めるためには、信頼できる専門家の力を借りることが成功のカギとなります。
補助金の対象となる専門家費用には、以下のようなものが含まれます。
- M&A仲介会社やファイナンシャルアドバイザー（FA）への報酬
- 公認会計士や弁護士に依頼するデューデリジェンス（DD）費用
- 契約書作成やリスク分析など、法務・財務に関する外部専門家の報酬
これらの費用は高額になりがちですが、補助金を活用することで妥協のない相手探しや、安心できる交渉・契約プロセスが実現可能になります。
M&A後の「本当の成功」を掴む費用（PMI推進費）
M&Aは、契約して終わりではありません。
むしろ、その後の「統合プロセス（PMI）」こそが、M&Aの成功を左右する最重要フェーズです。
たとえば、以下のような課題が発生します。
- 社員の意識や文化の違いをどう統一するか
- 業務フローや経理・販売管理などのシステムをどう統合するか
- 重複する人材・部門・設備をどう整理・最適化するか
こうしたPMI（PostMergerIntegration）を円滑に進めるためのコンサルティング費用や、システム導入費用も補助対象となっており、事業統合のリスクを抑えるうえで大きな支援になります。
円満な撤退と次への挑戦の費用（廃業・再チャレンジ費）
事業承継の過程では、「全体の承継」だけでなく、「一部の廃業・整理」を伴うケースも少なくありません。
たとえば、赤字部門を閉鎖し、黒字の主力事業だけを承継させるといった場面です。
このような場合にも、廃業にかかる費用を補助金でカバーすることができます。
対象となる経費の例は下記の通りです。
- 不要な在庫の処分費用
- 店舗や事務所の原状回復費
- リース解約や設備の撤去・移設費
- 廃業手続きにかかる専門家（税理士・弁護士）への報酬
これらの費用は見落とされがちですが、事業の再編やスリム化をスムーズに進めるための重要な支援となります。
2025年度「事業承継・M&A補助金」の公募スケジュール
2025年度の「事業承継・M&A補助金」は、すでに複数の公募がスタートしています。
たとえば、第11次公募（専門家活用枠のみ）は2025年5月9日～6月6日まで実施されました。
公募期間はおおむね1か月程度と短く、募集が始まってから準備を始めても間に合わないケースが多いのが実情です。
そのため、補助金の活用を検討している経営者の方は、以下のような事前準備と情報収集がカギとなります。
- GビズIDプライムアカウントの取得（申請に必須、発行まで2〜3週間かかる）
- 専門家との連携体制の確保（認定支援機関との協力が重要）
- 最新情報の定期チェック（中小企業庁や「事業承継・M&A補助金」の公式サイト）
早めの準備と情報収集が、補助金のチャンスを確実にものにする第一歩です。
事業承継補助金の採択率を高める！申請から受給までの5ステップ
補助金の申請は、単に書類を提出するだけでは通りません。
実際に採択を勝ち取るためには、事前の情報収集と戦略的な準備が不可欠です。
とくに「事業承継・M&A補助金」は、他の中小企業との“競争型”の審査となるため、内容の質や説得力が大きく採否を左右します。
具体的には、
- 事業の課題と補助金の使途が明確に結びついていること
- 承継やM&Aによって、どう企業が改善・成長していくのかを定量的に示すこと
- 必要に応じて、認定支援機関などの専門家と連携し、計画全体の完成度を高めること
これらを踏まえた“戦略的な申請準備”こそが、採択率を高める鍵となります。
①専門家への早期相談
「事業承継・M&A補助金」は制度が複雑で、申請書類や手続きも専門的です。
そのため、自力での申請は非常に難易度が高く、途中で断念するケースも少なくありません。
まずは、国が認定した「認定経営革新等支援機関」に相談するところから始めましょう。
具体的には、以下のような専門機関が該当します。
- 商工会・商工会議所
- 金融機関（地銀・信用金庫など）
- 税理士法人・中小企業診断士事務所など
これらの専門家は、事業計画の策定から、補助金申請の実務的な手続きまで一貫してサポートしてくれるため、採択率を高めるうえでも非常に心強い存在です。
ジーケーパートナーズは、中小企業活性化協議会の外部専門家としても活動する、企業再生のプロフェッショナル集団です。
とくに、一般的なM&A仲介会社では対応が難しい「債務超過企業の事業承継・M&A」を数多く支援してきた実績があります。
債務整理が必要な場合には、私的整理ガイドラインを活用した再生スキームとM&Aを組み合わせることで、事業の存続と金融債務の圧縮を同時に実現する最適な解決策をご提案します。
また、補助金活用においても、申請支援だけでなく、スポンサー候補の探索から再生計画の策定・実行までをワンストップで対応。
現在、無料の個別相談会を実施中です。
「うちのような状況でも対象になるのか？」とお悩みの方は、ぜひお気軽にご相談ください。
②事業計画の練り込み
補助金申請で最も重要視されるのが「事業計画書」です。
審査では、単に費用の使い道を記載するだけでなく、「補助金を活用して何を実現し、その結果として会社がどのように成長・改善していくのか」という明確なストーリーが求められます。
その際に特に重視されるのが以下の3点です。
- 課題の明確化と補助事業との因果関係
- 生産性向上・収益改善など、将来的な成果の定量的な見通し
- 実行可能性のある具体的なスケジュールと体制
このような要素を客観的なデータや根拠をもとに整理することが、採択の成否を左右します。
計画書は単なる書類ではなく、「将来の企業の姿」を審査員に伝えるプレゼン資料でもあります。
そのため、専門家と二人三脚でブラッシュアップし、説得力のある事業計画を作り込むことが成功の鍵となります。
③電子申請の準備（gBizIDプライムの取得）
申請は、政府の補助金申請システム「jGrants（ジェイグランツ）」を通じた完全オンライン申請となっています。
このシステムを利用するためには、事前に「gBizIDプライム」アカウントの取得が必須です。
ただし、発行には2～3週間程度かかることもあるため、補助金の公募が始まる前に早めに取得しておくことが重要です。
申請の流れは以下のようになります。
- gBizIDプライムの取得（郵送手続きあり）
- Grantsにログインして申請情報を入力
- 必要書類を電子添付し、オンラインで提出完了
gBizIDの取得が間に合わないと申請そのものができなくなるため、補助金活用を検討している場合は、まず最初にこの準備から始めましょう。
④事業の実施と徹底した証拠管理
採択が決定したら、事業計画に沿って速やかに事業を実行することになります。
ここで最も重要なポイントが、補助金は「後払い方式」であるという点です。
つまり、補助対象となる経費は、いったん自己資金で立て替えて支払い、その後に必要書類を提出してはじめて、補助金が支払われます。
そのため、次の点に特に注意が必要です。
- 補助対象期間内に発注・納品・支払いをすべて完了させること
- 契約書、請求書、領収書、振込明細などの証憑を厳格に保管すること
- 証憑が不備・未提出だった場合は、補助金が“1円も支払われない”リスクがあること
「補助金の採択＝お金がもらえる」ではなく、「事後の正確な実績報告と書類管理」こそが受給の必須条件です。
⑤実績報告と補助金の受領
事業完了後は、期限内に「実績報告書」と「経費の証拠書類」を提出する必要があります。
この報告をもとに、事務局による審査が行われ、最終的な補助金額が確定したうえで指定口座に振り込まれます。
ただし、報告内容に不備や証拠書類の不足があると、以下のようなリスクが発生します。
- 補助金が減額される
- 最悪の場合、補助金が交付されない（全額取り消し）
そのため、事業終了後も、気を抜かずに丁寧な報告対応が必要です。
さらに補助金を受け取った後も、「事業化状況報告」と呼ばれるフォローアップ義務が課されるのが一般的で、通常5年間にわたり毎年、事業の進捗や成果を報告する必要があります。
これは、補助金を「一時的な資金」ではなく、中長期的な経営改善・成長に活用しているかどうかを確認するための仕組みです。
まとめ
2025年の「事業承継・M&A補助金」は、単なる資金支援を超えて、中小企業が“次の成長ステージ”に進むための、戦略的な制度へと進化しています。
とくに、M&A後の経営統合（PMI）への支援が強化されたことで、承継の「入口」から「出口」だけでなく、「その先の成長」までを包括的にサポートする体制が整ってきました。
もちろん、補助金の申請手続きは専門的かつ煩雑ですが、認定経営革新等支援機関のような信頼できる専門家と連携すれば、採択の可能性は大きく高まります。
本記事を参考に、まずは「自社がどの支援枠に該当するか」「どのような未来を描きたいか」を考えるところから始めてみてください。
事業承継という経営の大きな節目を、会社の再生・成長・飛躍のチャンスに変えるために、この制度を最大限に活用し、「守り」ではなく「攻め」の事業承継を実現しましょう。
「うちは債務が多いから、事業承継なんて無理だ……」と諦めていませんか？
たしかに、債務超過や借入過多といった状況では、通常のM&Aでは買い手が見つからず、承継が難しいのが現実です。
しかし、企業再生の専門家であるジーケーパートナーズなら、そこからでも道を開くことが可能です。
当社は、中小企業活性化協議会の外部専門家として、金融機関との調整・債務整理を前提とした「再生型M&A」（事業譲渡や会社分割→特別清算など）に数多くの実績があります。
事業の価値を守り、次世代へつなげるための手段は、まだ残されています。
「債務があるから無理」と思う前に、ぜひ一度ご相談ください。
